Система электронного документооборота FossDoc разработана на основе трехуровневой архитектуры. Данная архитектура предполагает наличие следующих компонентов: клиентские приложения, подключенные к серверу приложений, который в свою очередь подключен к серверу базы данных, где хранятся все документы. На рабочем месте пользователя документы не хранятся.

Таким образом, пользователи работают с одним документом, а не его копиями, что повышает надежность Системы и исключает дублирование информации.

В Системе предусмотрены соответствующие разграничения прав доступа для работы с документами, справочниками, письмами и пр. объектами, а также сервис защиты информации электронными ключами.